Ο Γεώργιος Δικαίος Φλέσσας, όπως ήταν το κοσμικό του όνομα, γεννήθηκε το 1786 ή το 1788 στην Πολιανή Μεσσηνίας. Φοίτησε στην ονομαστή Σχολή της Δημητσάνας και το 1816 εκάρη μοναχός στο μοναστήρι της Βαλανιδιάς στην Καλαμάτα κι έλαβε το όνομα Γρηγόριος. Ζωηρός και εριστικός ως χαρακτήρας, γρήγορα ήλθε σε ρήξη με τον ηγούμενό του και πήγε να μονάσει στο μοναστήρι της Ρεκίτσας, μεταξύ Μυστρά και Λεονταρίου.

Στις αρχές του 1818 μάλωσε μ’ ένα Τούρκο αγά της περιοχής για κάποια διαφιλονικούμενα κτήματα και αναγκάστηκε να καταφύγει στην Κωνσταντινούπολη. Λίγο προτού εγκαταλείψει την Πελοπόννησο κι ενώ καταδιώκετο από Τούρκους οπλοφόρους, φέρεται να τους είπε: «Άιντε ρε και πού θα μου πάτε! Θα ξαναγυρίσω πάλι ή δεσπότης ή πασάς και τότε θα λογαριαστούμε!»

Στην Κωνσταντινούπολη γνωρίστηκε με τον Παναγιώτη Αναγνωστόπουλο, ο οποίος τον κατήχησε και τον μύησε στη Φιλική Εταιρεία στις 21 Ιουνίου του 1818 με το συνθηματικό όνομα Αρμόδιος. Την ίδια περίοδο έγινε αρχιμανδρίτης από τον πατριάρχη Γρηγόριο Ε'.

Από τη στιγμή που έγινε μέλος της Φιλικής Εταιρείας, ο Παπαφλέσσας αφιερώθηκε ψυχή τε και σώματι στην υπόθεση του εθνικού ξεσηκωμού. Παρορμητικός και ενθουσιώδης, ταξίδεψε γι’ αυτόν το σκοπό στις παραδουνάβιες ηγεμονίες και άλλοτε με ψέμματα και άλλοτε με αλήθειες κατάφερε να ενθουσιάσει και να παρασύρει πολλούς Έλληνες. Δικαιολογημένα κάποιος βιογράφος του του έδωσε το όνομα «μπουρλοτιέρης των ψυχών». Η τακτική, όμως, που ακολούθησε, θεωρήθηκε από ηγετικά στελέχη της Φιλικής Εταιρείας επικίνδυνη για την αποκάλυψη των σχεδίων της και αποφασίζεται να σταλεί στον Μοριά, όπου οι συνθήκες ήταν ευνοϊκότερες για οργανωτική δράση.

Στις αρχές του 1821, με έξοδα του Παναγιώτη Σέκερη, έφτασε στην Πελοπόννησο, εμφανιζόμενος άλλοτε ως πατριαρχικός έξαρχος και άλλοτε ως εκπρόσωπος της ανωτάτης αρχής της Φιλικής Εταιρείας. Στη μυστική Σύσκεψη της Βοστίτσας, όπως ονομαζόταν τότε το Αίγιο (26-30 Ιανουαρίου 1821), στην οποία πήραν μέρος εξέχοντα μέλη της Φιλικής Εταιρείας, ο Παπαφλέσσας επέμεινε στην αναγκαιότητα άμεσης έναρξης του Αγώνα, βεβαιώνοντας ότι θα τον ενίσχυε αποτελεσματικά η Ρωσία. Οι πρόκριτοι και οι αρχιερείς δεν πείστηκαν από τα λεγόμενά του και η σύσκεψη διαλύθηκε άδοξα.

Οργισμένος, ο Παπαφλέσσας έφυγε για τη Μάνη, όπου συναντήθηκε με τον Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη και τον Θεόδωρο Κολοκοτρώνη. Στις 23 Μαρτίου συμμετείχε με πολλούς Μοραΐτες καπεταναίους στην απελευθέρωση της Καλαμάτας. Από εκείνη τη στιγμή, ο Παπαφλέσσας πετά το ράσσο, το οποίο δεν τίμησε ιδιαίτερα, και φορά τη στολή του πολεμιστή. Όπου περνά, ενθουσιάζει και ξεσηκώνει τους Έλληνες. Κλείνεται να πολεμήσει στο κάστρο του Άργους και ύστερα παίρνει μέρος σε πολλές μάχες (Δερβενάκια και άλλες μικρότερες).

Τον Δεκέμβριο του 1821 έλαβε μέρος στην Α' Εθνοσυνέλευση της Επιδαύρου και το 1823 στη Β' Εθνοσυνέλευση του Άστρους. Στις 27 Απριλίου του 1823 ανέλαβε το Μινιστέριο (Υπουργείο) των Εσωτερικών και την 1η Ιουλίου του ίδιου χρόνου και το Μινιστέριο της Αστυνομίας. Κατά τη διάρκεια του εμφυλίου πολέμου, παρά το γεγονός ότι ήταν παλιός συνεργάτης του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη, βρέθηκε στο αντίπαλο στρατόπεδο. Οι ένοπλες συγκρούσεις του με τους Κολοκοτρωναίους αποτελούν μελανή σελίδα στην όλη δράση του.

Εν τούτοις, μόλις πάτησε το πόδι του ο Ιμπραήμ στο Μοριά το 1825, πρότεινε την αποφυλάκιση του Θεόδωρου Κολοκοτρώνη και άλλων αντικυβερνητικών αγωνιστών, ενώ ο ίδιος όντας ακόμη Μινίστρος των Εσωτερικών και της Αστυνομίας ξεκίνησε για τη Μεσσηνία για να χτυπήσει τον εισβολέα. Ταμπουρώθηκε στο Μανιάκι, με την απόφαση να νικήσει ή να πέσει. Στις 20 Μαΐου δέχθηκε επίθεση από τις υπέρτερες δυνάμεις του εχθρού κι έπεσε ηρωικά μαχόμενος, ύστερα από οκτάωρη σκληρή μάχη.